Si queremos evitar que los usuarios puedan usar esta combinación de teclas nos vamos a /etc/inittab y ponemos una almohadilla # de comentario en la siguiente linea:

ca::ctrlaltdel:/sbin/shutdown -t3 -r now

Pero si lo que queremos es que sólo determinados usuarios puedan usarlo, modificamos esa línea y la ponemos así (sin la # de antes):

ca::ctrlaltdel:/sbin/shutdown -a -t3 -r now

y creamos un archivo nuevo /etc/shutdown.allow con los nombres de usuarios que nos interese:

phantom
usuario
invitado

Está claro que si cambiamos ese -r por un -h nos apagaría el equipo, y bueno, para más opciones: man shutdown.

Aun así, podríamos incluso poner otro comando, como que nos muestre un mensajito en consola y mil chorradas como esa, o no tan chorradas… a preferencia de cada uno.