Fichero /etc/lilo.conf :
# Sección global de arranque de LILO
boot = /dev/hda
compact # si da problemas, descomentar esta opción
delay = 50
vga = normal # forzando ’sane-state’
ramdisk = 0 # paranoia setting
#
# Sección de configuración de partición de LINUX arrancable
image = /vmlinuz
root = /dev/hdc2
label = linux
#
# Sección de configuración de partición de DOS arrancable
other = /dev/hda1
label [...]

A Windows no te gusta que alguien más use la MBR; por eso, cuando instalamos cualquier versión, automáticamente sobrescribe la MBR a su gusto.
Si teníamos Linux instalado con LILO, necesitaremos un disquete booteable para ingresar en Linux y poder ejecutar /sbin/lilo para que, nuevamente, LILO pueda instalarse en la MBR